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Raúl Rabadán

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Raúl Rabadán

Raúl Rabadán en 2019
Información personal
Nacimiento 3 de enero de 1974 o 1974 Ver y modificar los datos en Wikidata
Nacionalidad Española
Educación
Educado en Universidad Autónoma de Madrid Ver y modificar los datos en Wikidata
Información profesional
Ocupación Físico, biólogo, físico teórico, informático teórico y profesor universitario Ver y modificar los datos en Wikidata
Área Física teórica, biología computacional, bioinformática, genómica y biología matemática Ver y modificar los datos en Wikidata
Empleador Universidad de Columbia (desde 2008) Ver y modificar los datos en Wikidata
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Raúl Rabadán (nacido en 1974) es un físico teórico y biólogo computacional hispanoamericano. Actualmente es Catedrático Gerald y Janet Carrus en el Departamento de Biología de Sistemas, Informática Biomédica y Cirugía de la Universidad de Columbia. Es director del Programa de Genómica Matemática de la Universidad de Columbia y director del Centro de Topología de la Evolución y Heterogeneidad del Cáncer. En Columbia, ha creado un laboratorio altamente interdisciplinar con investigadores de los campos de las matemáticas, la física, la informática, la ingeniería y la medicina, con el objetivo común de resolver problemas biomédicos acuciantes mediante modelos computacionales cuantitativos. El interés actual de Rabadán se centra en descubrir patrones de evolución en sistemas biológicos, en particular virus y cáncer.

Carrera profesional

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Rabadán es experto en enfoques matemáticos de sistemas biológicos, genómica del cáncer y enfermedades infecciosas. Se doctoró en fenomenología de la teoría de cuerdas, concretamente en física de compactificaciones de cuerdas y configuraciones de intersección de D-branas en la Universidad Autónoma de Madrid, España. En sus investigaciones más recientes en física ha estudiado la paradoja de la información de los agujeros negros en el contexto de la dualidad Anti-de Sitter/Teoría de Campos Conforme, y ha propuesto varios experimentos para la búsqueda de axiones. Desde 2005 ha centrado su programa de investigación en problemas teóricos y computacionales en biología. De 2001 a 2003, Rabadán fue becario en la División de Física Teórica del CERN, la Organización Europea para la Investigación Nuclear, en Ginebra (Suiza). En 2003 se incorporó al Grupo de Física de la Facultad de Ciencias Naturales del Instituto de Estudios Avanzados.


Desde 2008, Rabadan es profesor en la Universidad de Columbia, en Nueva York. Ha aplicado enfoques cuantitativos a la modelización y comprensión de la dinámica de los sistemas biológicos a través de la lente de la genómica. Ha centrado su investigación en la evolución de dos de esos sistemas biológicos: el cáncer y las enfermedades infecciosas. En particular, ha trabajado en la identificación de los mecanismos impulsores de los procesos evolutivos, caracterizar la dinámica de los procesos clave y dilucidar las interacciones epistásicas. Rabadán está interesado en comprender la evolución de los agentes infecciosos a través del análisis de su genoma, en particular los virus de ARN como la gripe y los coronavirus. Sus trabajos en este campo incluyen la elucidación del origen del subtipo H1N1 del virus de la gripe A.[1]​[2]​

El trabajo de Rabadan en genómica del cáncer ha llevado a la identificación de alteraciones impulsoras en la leucemia de células pilosas,[3]​ linfoma difuso de células B grandes,[4]​[5]​ leucemia linfoblástica aguda de células T,[6]​[7]​ leucemia linfocítica crónica,[8]​[9]​[10]​[11]​ linfoma de la zona marginal esplénica[12]​ y glioblastoma multiforme;[13]​[14]​ y a la identificación de alteraciones recurrentes, que conducen a la resistencia a la terapia, utilizando datos longitudinales en la leucemia linfoblástica aguda de células T. Actualmente está estudiando el papel del ARN no codificante en el cáncer.[15]​[16]​ Recientemente, ha estado trabajando en la aplicación del análisis de datos topológicos a datos genómicos a gran escala y datos transcriptómicos de células individuales.[17]​[18]​[19]​[20]​[21]​

El trabajo científico de Rabadán ha dado lugar a más de 200 publicaciones científicas revisadas por pares, incluso en revistas de alto factor de impacto (New England Journal of Medicine, Nature, Science, Nature Genetics, Nature Medicine, Cell, entre otras). Varios de sus resultados han sido presentados por la prensa internacional, incluidos CNN, The New York Times, The Wall Street Journal, Associated Press, Reuters International y The Economist.

Libros

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En 2019, Rabadán, junto con Andrew Blumberg, topólogo de la Universidad de Texas, publicó un libro Análisis de datos topológicos para genómica y evolución en Cambridge University Press.[22]​ El libro explora la biología en la era de Big Data. Este libro presenta las ideas y técnicas centrales del análisis de datos topológicos y sus aplicaciones específicas a la biología, incluida la evolución de virus, bacterias y humanos, la genómica del cáncer y la caracterización de procesos de desarrollo de células individuales.

En 2020, Rabadan publicó Comprender el coronavirus en Cambridge University Press. El libro proporciona una introducción concisa y accesible que brinda respuestas a las preguntas más comunes sobre el coronavirus para una audiencia general, incluida una introducción sobre el origen y la evolución de este virus, la relación con el SARS y otros virus respiratorios, entre otros.

Referencias

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  1. ↑ Trifonov, V., Khiabanian, H., Greenbaum, B. & Rabadan, R. The origin of the recent swine influenza A(H1N1) virus infecting humans. Euro Surveill 14 (2009).
  2. ↑ Trifonov, V.; Khiabanian, H.; Rabadan, R. (2009). «Geographic dependence, surveillance, and origins of the 2009 influenza A (H1N1) virus». N Engl J Med 361 (2): 115-119. PMID 19474418. doi:10.1056/NEJMp0904572. 
  3. ↑ Tiacci, E. (2011). «BRAF mutations in hairy-cell leukemia». N Engl J Med 364 (24): 2305-2315. PMC 3689585. PMID 21663470. doi:10.1056/NEJMoa1014209. 
  4. ↑ Pasqualucci, L. (2011). «Inactivating mutations of acetyltransferase genes in B-cell lymphoma». Nature 471 (7337): 189-195. Bibcode:2011Natur.471..189P. PMC 3271441. PMID 21390126. doi:10.1038/nature09730. 
  5. ↑ Pasqualucci, L. (2011). «Analysis of the coding genome of diffuse large B-cell lymphoma». Nat Genet 43 (9): 830-837. PMC 3297422. PMID 21804550. doi:10.1038/ng.892. 
  6. ↑ Van Vlierberghe, P. (2010). «PHF6 mutations in T-cell acute lymphoblastic leukemia». Nat Genet 42 (4): 338-342. PMC 2847364. PMID 20228800. doi:10.1038/ng.542. 
  7. ↑ Tzoneva, G. (2013). «Activating mutations in the NT5C2 nucleotidase gene drive chemotherapy resistance in relapsed ALL». Nat Med 19 (3): 368-371. PMC 3594483. PMID 23377281. doi:10.1038/nm.3078. 
  8. ↑ Rossi, D. et al. Mutations of NOTCH1 are an independent predictor of survival in chronic lymphocytic leukemia. Blood 119, 521-529, doi 10.1182/blood-2011-09-379966 (2012).
  9. ↑ Rossi, D. (2012). «Integrated mutational and cytogenetic analysis identifies new prognostic subgroups in chronic lymphocytic leukemia». Blood 121 (8): 1403-1412. PMC 3578955. PMID 23243274. doi:10.1182/blood-2012-09-458265. 
  10. ↑ Rossi, D. (2011). «Mutations of the SF3B1 splicing factor in chronic lymphocytic leukemia: association with progression and fludarabine-refractoriness». Blood 118 (26): 6904-6908. PMC 3245210. PMID 22039264. doi:10.1182/blood-2011-08-373159. 
  11. ↑ Jiguang Wang, Hossein Khiabanian, Davide Rossi, Giulia Fabbri, Valter Gattei, Francesco Forconi, Luca Laurenti, Roberto Marasca, Giovanni Del Poeta, Robin Foà, Laura Pasqualucci, Gianluca Gaidano, Raul Rabadan. Tumor evolutionary directed graphs and the history of chronic lymphocytic leukemia. eLife 2014 Dec 11; doi 10.7554/eLife.02869 PubMed.
  12. ↑ Rossi, D. (2012). «The coding genome of splenic marginal zone lymphoma:activation of NOTCH2 and other pathways regulating marginal zone development». J Exp Med 209 (9): 1537-1551. PMC 3428941. PMID 22891273. doi:10.1084/jem.20120904. 
  13. ↑ Singh, D. et al. Transforming Fusions of FGFR and TACC Genes in Human Glioblastoma. Science, doi 10.1126/science.1220834.
  14. ↑ Jiguang Wang, Emanuela Cazzato, Erik Ladewig, Veronique Frattini, Daniel S. Rosenbloom, Sakellarios Zairis, Francesco Abate, Zhaoqi Liu, Oliver Elliott, Yong-Jae Shin, Jin-Ku Lee, In-Hee Lee, Woong-Yang Park, Marica Eoli, Andrew Blumberg, Anna Lasorella, Do-Hyun Nam, Gaetano Finocchiaro, Antonio Iavarone, Raul Rabadan, Clonal Evolution of Glioblastoma under Therapy, Nature Genetics 2016 June 6. doi 10.1038/ng.3590.
  15. ↑ E. Pefanis, J. Wang, G. Rothschild, J. Lim, J. Chao, R. Rabadan, AN. Economides, U. Basu. Antisense non-coding RNA transcription targets AID to divergently transcribed genes in the B cell genome. Nature 514, 389–393 ( co-corresponding authors).
  16. ↑ Evangelos Pefanis, Jiguang Wang, Gerson Rothschild, Junghyun Lim, David Kazadi, Jianbo Sun, Alexander Federation, Jaime Chao, Oliver Elliott, Zhi-Ping Liu, Aris N. Economides, James E. Bradner, Raul Rabadan, Uttiya Basu. RNA Exosome-Regulated Long Non-Coding RNA Transcription Controls Super-Enhancer Activity. Cell 2015 May; doi 10.1016/j.cell.2015.04.034
  17. ↑ Chan, J. M.; Carlsson, G.; Rabadan, R. (2013). «Topology of viral evolution». Proc Natl Acad Sci U S A 110 (46): 18566-18571. Bibcode:2013PNAS..11018566C. PMC 3831954. PMID 24170857. doi:10.1073/pnas.1313480110. 
  18. ↑ K. Emmett, R. R. Characterizing Scales of Genetic Recombination and Antibiotic Resistance in Pathogenic Bacteria Using Topological Data Analysis. Lecture Notes in Computer Science (LNCS) (2014).
  19. ↑ Camara, Pablo G.; Rosenbloom, Daniel I. S.; Emmett, Kevin J.; Levine, Arnold J.; Rabadan, Raul (2016). «Fine-scale resolution of human recombination using topological data analysis». Cell Systems 3 (1): 83-94. PMC 4965322. PMID 27345159. doi:10.1016/j.cels.2016.05.008. 
  20. ↑ S. Zairis, A. Blumberg, H. Khiabanian, R. Rabadan. Moduli spaces of phylogenetic trees describing tumor evolutionary patterns. Lecture Notes in Computer Science (LNCS) 2014. Volume 8609, pp 528-539. 2.
  21. ↑ Rizvi, Abbas H.; Camara, Pablo G.; Kandror, Elena K.; Roberts, Thomas J.; Schieren, Ira; Maniatis, Tom; Rabadan, Raul (June 2017). «Single-cell topological RNA-seq analysis reveals insights into cellular differentiation and development». Nature Biotechnology 35 (6): 551-560. ISSN 1546-1696. PMC 5569300. PMID 28459448. doi:10.1038/nbt.3854. 
  22. ↑ Rabadan, Raul; Blumberg, Andrew J. (2019). Topological Data Analysis for Genomics and Evolution: Topology in Biology. Cambridge University Press. ISBN 978-1-107-15954-9. Consultado el 19 de mayo de 2023. 

Enlaces externos

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